Los microorganismos se encuentran en todos los cuerpos de agua de forma natural, al igual que se encuentran en cualquier superficie. Algunos de ellos son beneficiosos para la limpieza y reciclaje de nutrientes del agua, sin embargo también hay microorganismos que son perjudiciales para la salud, sobre todo cuando el agua es para consumo humano, animal o uso agrícola. Algunos de los microorganismos más conocidos por ser perjudiciales a la salud son la Salmonella, Legionella, Giardia lamblia, Rotavirus, Hepatitis A, en tiempos actuales se han encontrado virus del SARS-CoV-2. Incluso con cierto tipo de filtraciones, limpieza y cloración, pueden aumentar su resistencia a ser eliminados cuando estos microorganismos se encuentran en cuerpos de agua. Un exceso da pie a coloramientos en el agua, moho y hongos que ensucian más y conllevan diferentes procesos para poder limpiar o mejorar la calidad del agua. Estos microorganismos crecen su población conforme la composición del agua, algunos contaminantes proliferan su crecimiento. La materia orgánica es el alimento principal para ciertas bacterias, virus y protozoarios, incluidos también los químicos, contaminantes, plaguicidas. Aunque no todos los microorganismos son perjudiciales, de hecho son necesarios para la limpieza y descontaminación del agua. Es por ello que se ocupan como método de “Bioremedación”. Por ello una cantidad concentrada de ciertos microorganismos son los ayudantes naturales e ideales en los tratamientos más modernos de aguas residuales, en torres de enfriamiento, cuidado y mantenimiento de líneas de drenajes, entre otros. Ya que la prevención de un exceso de materia orgánica detiene el crecimiento de los microorganismos no benéficos en el agua.
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